医学分子生物学实验报告

          医学分子生物学实验报告

             

                日期:20##-04-14

        医学分子生物学实验报告

一、实验名称:

1、质粒的提取

2、质粒DNA的限制性内切酶酶切

3、DNA琼脂糖凝胶电泳

二、实验目的:

  1、掌握碱裂解法分离质粒DNA的基本原理和操作要点

  2、了解限制性内切酶作用的原理、特点和酶切质粒DNA的试验方法

  3、学习琼脂糖凝胶电泳检测DNA的方法和技术

三、实验原理:

    质粒是一种染色体外能够稳定遗传的因子,具有双链共价闭环结构的DNA分子。是染色体外小型(1-200kb)的共价、闭合、环状的双链DNA分子(cccDNA),能自主复制并能稳定遗传的遗传因子。

    碱裂解法利用宿主菌巨大线状染色体DNA与相对较小的闭环双链质粒DNA的结构的差异来提取质粒DNA。碱变性DNA时,线状基因组DNA变性充分而质粒DNA处于拓扑缠绕的自然状态而不能彼此分开。当去除变性条件时(酸中和),质粒DNA迅速准确配置重新形成完全天然超螺旋状分子,而难于复性的长链线状的基因组DNA则与破裂的细胞壁、细菌蛋白相互缠绕成大型复合物,被SDS包盖,当K+取代Na+时这些复合物会从溶液中沉淀下来,附在细胞碎片上一起被离心除去。

    质粒检测:(1)电泳检测:质粒电泳一般有三条带,分别为质粒的超螺旋、开环、线型三种构型;(2)吸光值检测:采用分光光度计检测260nm、280nm波长吸光值,若吸光值260nm/280nm的比值介于1.7-1.9之间,说明质粒质量较好,1.8为最佳,低于1.8说明有蛋白质污染,大于1.8说明有RNA污染。

    Ⅱ型酶识别的DNA序列一般含有4~6个核苷酸。有的在识别顺序的对称轴上对双链DNA同时切割产生平末端;有的在识别顺序的双侧末端DNA双链产生粘性末端。Ⅱ型限制性内切酶需要Mg2+激活,大部分Ⅱ型酶所识别的序列具有反向对称的结构,或称为回文结构。质粒DNA通常都具有一个或多个限制性内切酶酶切识别序列,可被相应限制性内切酶切出相应数量的切口,从而产生相应数量的酶切片断。本实验采用的EcoRⅠ和Hind的识别序列和酶切位点分别为       

              GAATTC   和    AAGCTT                                                       

              CTTAAG         TTCGAA

    DNA在琼脂糖凝胶中泳动时有电荷效应和分子筛效应。

核酸为两性分子,在pH3.5时,整个分子带正电; pH8左右时,整个分子带负电。

在碱性环境下,核酸分子之糖-磷酸骨架中的磷酸基团,是呈离子化状态的,把这些核酸分子放置在电场当中,它们就会向正电极的方向迁移。由于糖-磷酸骨架在结构上的重复性质,相同数量的双链DNA几乎具有等量的净电荷,因此它们能以同样的速度向正电极方向迁移。在一定的电场强度下,DNA分子的这种迁移速度,亦即电泳的迁移率,取决于核酸分子本身的大小和构型。DNA分子的迁移速度与相对分子质量的对数值成反比关系,可以近似用于估算分子的大小,可以分离相对分子质量相同,但构型不同的DNA分子。共价闭环超螺旋DNA>直线DNA>开环的双链环状DNA。 

四、实验步骤:

(一)质粒的提取:?

1、取2.0mL菌液(老师已配好)加入2.0ml的dorf管中;

2、将dorf管放进离心机用5000 r/min、离心5min,弃上清,收集菌体;

3、加入200uL溶液I+5uLRNA酶悬浮菌体(充分混匀),冰上静置5min ;

4、加入400uL溶液II(轻轻混匀),室温静置5min让裂解菌体;

5、加入300uL溶液III(轻轻混匀),冰上静置5min使质粒DNA复性;

6、在4℃条件下,10000 r/min,离心10min,取700μL(注不要吸到沉淀物)上清到一新管;

7、加700μL的 氯仿:异戊醇[V:V=24:1](混匀),冰上静置5min;

8、在4℃条件下,10000 r/min,离心10min,取500μL(注不要吸到沉淀物)上清到一新管;

9、加入1.0mL无水乙醇(充分混匀),在-20℃条件下放置20min;

10、在4℃条件下,10000 r/min,离心10min ,弃上清;

11、向沉淀物中加入500μL70%乙醇,将沉淀悬起;

12、在4℃条件下,5000 r/min离心5min,弃上清(用软纸将管内乙醇吸干)即可。

(二)酶切:

取实验一中提取的质粒,向其中加入10μL灭菌的双蒸水使其充分溶解,测定其dsDNA浓度。然后按下表进行操作:

充分混匀后于37℃保温2-3h。(注最终反应体系中质粒浓度至少达到1.2μg/μL)

由测量数据计算得:X=7

(三)DNA的琼脂糖凝胶电泳:

1、制胶 —— 1.0 %琼脂糖凝胶 (50ml)(老师已制好)

2、凝胶板的制备 ——用微量加样器小心加入2-3μlEB(老师已制好)

3、点样——样品20μl,与4μl溴酚兰混匀( DNA maker 3μl 加入10μl水与4μl溴酚兰混匀)

4、电泳——稳压 80v,DNA向阳极移动, 大约50-60min

5、观察和拍照——在254nm紫外灯下观察

五、实验数据和结果:

六、注意事项:

1、质粒提取过程必需缓和,不能剧烈振荡。

2、操作过程避免污染,反应体系中各试剂用量准确。

3、EB是一种诱变剂,操作时必须戴塑料或乳胶手套!

4、操作过程避免污染,反应体系中各试剂用量准确。

七、思考题:

1.琼脂糖凝胶电泳的适用范围?

答:电泳缓冲液的pH在6~9之间,离子强度0.02~0.05为最适。

2.影响琼脂糖凝胶电泳的因素有哪些?

答:DNA的分子大小、琼脂糖浓度、DNA的分子构象、电源电压、嵌入燃料的存在、离子强度影响。

3.影响限制性酶切的因素有哪些?

答:DNA纯度、缓冲液、温度条件及限制性内切酶本身都会影响限制性内切酶的活性。大部分限制性内切酶不受RNA或单链DNA的影响。

4.结合实验情况,如何提高限制性酶切的反应效率?

答:(1)提高DNA的浓度,尽量将其中的蛋白质除尽;(2)因为不同限制性内切酶对NaCl浓度的要求不同,可以先用要求低盐缓冲液的限制性内切酶消化DNA,然后补足适量的NaCl,再用要求高盐缓冲液的限制酶消化;(3)要有适宜的温度,一般在37度左右;(4)DNA分子构型对核酸内切限制酶的活性有很大影响,如消化超螺旋的DNA比消化线性DNA用酶量要高出许多倍,可以改变DNA的构象,使其简单化。

5.限制性内切酶在基因工程中有什么作用?

答:一是限制性核酸内切酶可以切割目的基因和载体,以便于连接之后导入载体;其二是检测过程的方法是很多的,其中之一就是酶切法,简而言之就是选用适当的酶进行酶切,电泳后观察酶切片段数量和大小,与预计的是否相符就可初步判断受体中有无目的基因,选择不同的酶多做几次,还可初步判断目的基因在操作过程中有无突变。

6.实验(一)中溶液1、2、3各起什么作用?

答:溶液I作用:分散细胞,鳌合金属离子使金属酶失活;

溶液II作用:细胞壁肽聚糖碱性下水解,核酸和蛋白质变性;

溶液III作用:酸性下质粒DNA复性,变性蛋白-SDS+线性DNA沉淀,K+可中和DNA。组员签字:

 

第二篇:医学分子生物学重点

医学分子生物学

第一章 基因表达调控

第一节 基因表达调控概念、方式、调控的主要阶段(转录) 管家基因、奢侈基因概念

第二节 原核生物基因表达调控

1、 转录起始调控

2、 乳糖操纵子及调节(重点介绍)

3、 色氨酸操纵子

4、 原核生物的转录后调控(主要讲要点,不是重点)

第三节 原核与真核基因的差别

1、 真核生物基因表达调控特点

2、 染色质结构与基因表达(不讲)

3、 DNA甲基化与基因活性的调控

请结合医学病例讲解甲基化对基因的影响

4、 转录水平的调控

顺势作用元件

反式作用因子

蛋白质之间相互作用部分(不是重点)

酵母双杂交技术

5、 翻译水平的调控

第二章 细胞增值、分化与细胞凋亡的分子

第一节 细胞增殖

1、 细胞周期

介绍细胞周期分期、周期蛋白、重点介绍细胞周期调节方式 原癌期和抑癌期的概念

2、 细胞周期的调控

介绍Rb和P53为主的调节方式

第二节 细胞分化

1、 细胞分化

2、 细胞分化的基因调控机制

3、 干细胞分化

第三节 细胞凋亡

1、 细胞凋亡

2、 细胞凋亡的信号转导途径

第三章 基因工程

第一节 概念

1、 基因工程的基本概念(基因工程定义)

2、 基因工程的发展历史(自学)

3、 基因工程的应用(简介)

第二节 基因工程中常用的工具酶

1、 限制性核酸内切酶

2、 DNA连接酶

3、 其他用于DNA重组的工具酶

第三节 基因工程中的载体 质粒作为载体的3个条件

1、 质粒载体一般的生物学特征

医学分子生物学

2、 PBR322和PUC,多克隆位点、抗性等

第四章 目的基因的获取

第四节 重组体的构建、导入与筛选

基因工程六个基本步骤(大题)

1、 DNA的连接

2、 重组体的导入

3、 重组体克隆的筛选与鉴定

第五章 分子杂交

第一节 分子杂交概论

1、 分子杂交技术的发展简史及展望

2、 分子杂交的基本原理

3、 分子杂交的基本方法

4、 分子杂交的基本类型

第二节 southern 印记杂交

1、 实验原理

2、 实验方法

3、 实验结果

4、 注意事项

第三节 northern 印记杂交

1、 实验原理

2、 实验方法

第四节 western 印记杂交

1、 蛋白质样品的制备

2、 蛋白质样品的定量

3、 蛋白质样品的分离

4、 蛋白质样品的转移

5、 蛋白质样品的检测

6、 注意事项

第六章 基因诊断与基因治疗

(课本上的黑体字部分注重看,了解方法步骤)

名词解释(5×3′)

填空题(15×1′)

判断题(10×1′)

单选题(30×1′)

问答题(3×10′)

医学分子生物学

1、 绝缘子

2、 启动子

3、 反式作用因子

4、 细胞增殖

5、 基因工程

6、 细胞凋亡

7、 基因表达

8、 cDNA

9、 基因诊断

10、 Southern blotting

11、 顺式作用元件

12、 Plasmid

1、 为什么在PCR反应过程中,使用三个不同的温度不变?

高温变性、低温退火、中温延伸3个阶段。

1. 变性:加热使模板DNA在高温下(94-95℃)变性,双链间的氢键断裂而形成两条单链,即变性阶段。

2. 退火:在体系温度降至37-65℃,模板DNA与引物按碱基配对原则互补结合,使引物与模板链3’端结合,形成部分双链DNA,即退火阶段。

3. 延伸:体系反应温度升至中温72℃,耐热DNA聚合酶以单链DNA为模板,在引物的引导下,利用反应混合物中的4种脱氧核苷三磷酸(dNTP),按5’到3’方向复制出互补DNA,即引物的延伸阶段。

2、 常用的基因载体有哪些,请举例说明。

1、 质粒,能自主复制,可含有抗性基因、β-半乳糖苷酶基因;

2、 λ噬菌体,显性双链,两端有粘性末端,裂解生长,可包装成颗粒释出,与溶源生

长有关的较大区域可被外源DNA取代。

3、 单链丝状噬菌体,为单链环状DNA,侵犯宿主菌后借助宿主的酶系统把单链DNA

复制为双链DNA,双链DNA称为复制型,在宿主细胞内扩增达一定数量,可由外壳蛋白包装成丝状,分泌到基质,特点,便于测序;

4、 动物病毒,可被导入真核细胞,混合型病毒即可转染原核细胞,又可转染真核细胞;

5、 黏粒,即柯斯质粒,是cos序列与质粒载体的结合产物,介于噬菌体和质粒之间的

杂交体,兼有两者之优点,可克隆较大DNA片段;

6、 酵母人工染色体,具有真核生物染色体特点,可克隆很大外源片段和表达真核生物

基因。

3、 叙述乳糖(lac)操纵子的组成,功能及其调控机制。

4、 简述乳糖操纵子的正负调控机制

1、 乳糖操纵子包含3个结构基因(编码β—半乳糖苷酶、β—半乳糖苷通透酶和

医学分子生物学

转乙酰基酶)、3个调控元件(启动子、操控基因和CAP结合位点)和1个调节

基因(编码阻遏蛋白)

2、 阻遏蛋白的负调控:无乳糖时,阻遏蛋白结合操纵子基因,妨碍RNA聚合酶结

合启动子,抑制结构基因转录。有乳糖时,生成别位乳糖(诱导剂)结合蛋白,

不能封闭操纵基因,结构基因可以转录。

3、 Camp-CAP复合物的正调控:无葡萄糖时,cAMP浓度高,形成的Camp-CAP复

合物结合于CAP结合位点,增强启动子转录活性。有葡萄糖时,cAMP浓度低,

cAMP-CAP复合物形成受阻,影响转录活性。

4、 正、负调控机制相辅相成。cAMP-CAP复合物是转录必须的,同时阻遏蛋白进

一步控制转录启动。综上,乳糖操纵子最强的表达条件是乳糖而无葡萄糖。

5、 试述southern 印记杂交的基本步骤

(1)待测核酸样品的制备:抽取纯化基因组DNA ,用DNA限制酶将其切割成大小不同的DNA片段,可用一种限制酶消化,也可用两种限制酶进行消化。

(2)待测DNA样品的电泳分离:将待测DNA样品加入到琼脂糖的凝胶孔中,在适当的缓冲液中,DNA带负电荷,在电场中即向正极移动。由于琼脂糖形成网状物质,具有分子筛作用。因而分子越大,泳动速度越慢,分子越小,泳动速度越快。大小相同的分子泳动速度相同。经电泳后,处于同一条带,大小不同的分子经电泳后就形成许多带。

(3)凝胶中核酸的变性(碱变性):转膜前对凝胶中的DNA进行碱变性及中和处理,

(4)Southern印迹:Southern印迹是指将电泳分离的DNA片段转移到一定的固相支持物上的过程。Southern印迹的常用方法有毛细管虹吸印迹法、电转法、真空转移法。通常将DNA分子转移至NC膜上,与溶液中的探针进行杂交反应。

(5)制备探针:探针可以是纯化的DNA片段或寡核苷酸片段。

(6)Southern杂交,包括预杂交和杂交。预杂交的目的是将膜上所有能与DNA结合的位点封闭,预杂交液是不含有DNA探针的杂交液。预杂交后加入DNA探针后即成为杂交液,与膜上的待测DNA进行杂交。

(7)杂交结果的检测:所用探针是用放射性核素标记的则通过放射自显影检测;所用探针是用生物素或地高辛标记的则通过比色或化学发光检测。

6、 简述基因工程的基本过程

(1) 从基因组中,经过酶团消化或PCR扩增等不步骤,分离出带有目的基因的DNA

片段

(2) 对目的基因和载体进行切割便于二者连接

(3) 在体外,将带有目的基因的外源DNA片段连接到能过自我复制的并具 有选择记

号的载体分子上,形成重组DNA分子

(4) 将重组DNA分子转移到适当的受体细胞,并与之一起增值。

(5) 从大量的细胞繁殖群体中筛选和鉴定转化细胞,获得外源基因高效稳定表达的

重组DNA分子受体细胞克隆

从这些筛选出来的受体细胞克隆,提取出已经得到扩增的目的基因,供进一步分子研究使用。

相关推荐